[Erel]

You should not declare the array as a boolean type.
Change it to:

Sub Globals
  'Declare the global variables here.
  Dim Checks(10)
  Dim Flag
End Sub

Sub App_Start
  For x = 0 To 9
    Checks(x) = false
  Next
  MsgBox(Checks(0))    
  Form1.Show
  Test
End Sub

Sub test
  'If Not(Checks(0)) Then ' this works
  If Checks(0) = false Then ' this doesn't when Checks() are Boolean
    Msgbox("False")
  End If
End Sub